中央研究院置秘書長一人，職務列簡任第十三職等至第十四職等，承院長之命，綜合處理本院行政工作；副秘書長一人，職務列簡任第十三職等，承院長之命，襄助秘書長處理本院行政工作。

秘書長、副秘書長及處理行政工作之一級單位主管，除人事、政風及主計單位主管外，均得由研究員或研究技師兼任。