研究所置所長一人，其人選由院長委請各該研究所學術諮詢委員會（以下簡稱學諮會）或特派之聘任小組推薦二至四位候選人，再由院長徵詢所中助研究員、副研究員、研究員及特聘研究員之意見後聘任之。所長綜理所內行政及學術事宜。

研究所所長須為該所特聘研究員或專任研究員。

所長之任期為三年，連聘得連任，以連任一次為原則。但因業務發展需要，經院長委請該所學諮會或特派之聘任小組建議，由院長認可者，得再連任一次。

研究所得因需要，置副所長一至二人，由所長就該所專任研究員或副研究員中推薦，報請院長聘任之，其任期不得跨越所長之任期。

研究所籌備處置處主任一人，其資格準用第二項之規定；其任期準用第三項之規定。

研究所籌備處得因需要，置副主任一至二人，其資格及任期準用第四項之規定。