智慧財產及商業法院對應設置高等檢察署智慧財產分署，其類別及員額依附表之規定。

各地方檢察署及其分署檢察官辦理第三條第二款及第四款之刑事案件，其直接上級檢察署檢察長為高等檢察署智慧財產分署檢察長。