本部之次級機關及其業務如下：
一、數位產業署：辦理促進數位經濟相關產業發展與數位科技應用事項之政策規劃及執行。
二、資通安全署：辦理國家資通安全政策規劃、計畫核議及督導考核，執行國家資通安全防護、演練與稽核業務及通訊傳播基礎設施防護。