第二局分設五科，各科掌理事項如下：
一、第一科
（一）關於總統明令褒揚案件之簽辦事項。
（二）關於贈授本國及外國人勳章案件之簽辦，及外國授勳本國人請准佩帶案件之簽報事項。
（三）關於製發勳章、獎章、紀念章等案件之簽辦事項。
（四）關於印信之鑄發、銷燬等案件之簽辦，及印信啟用、套用等報備案件等處理事項。
（五）關於總統題頒匾額、題詞及頒發玉照等之簽辦事項。
（六）關於國內機關團體及民眾請柬之處理事項。
（七）其他奉交辦事項。
二、第二科
（一）關於本府資訊應用系統之規劃、分析及辦理事項。
（二）關於資訊業務之推廣及教育事項。
（三）關於資訊作業委外服務案件之規劃及簽辦事項。
（四）關於資訊軟、硬體設備及網路之管理、維護及應用事項。
（五）其他奉交辦事項。
三、第三科
（一）關於本府檔案之管理事項。
（二）關於製作檔案縮影及掃描事項。
（三）其他奉交辦事項。
四、第四科
（一）關於文件之收發、分送及繕校等事項。
（二）關於典守及鈐蓋國璽、總統印、總統簽字章及總統、副總統職章等事項。
（三）關於典守及鈐蓋秘書長印、名章、簽字章及職章等事項。
（四）關於辦理新舊任總統、副總統就職授與印信，及新舊任秘書長印信交接事項。
（五）關於本府公報之編輯、校對及發行等事項。
（六）關於辦理本府圖書之購置、編目、借閱及保管等事項。
（七）關於辦理各界呈贈書刊之保管及函謝等事項。
（八）其他奉交辦事項。
五、第五科
（一）關於本府資通安全維護計畫之研訂、實施等事項。
（二）關於本府資通安全維護工作之管理、稽核等事項。
（三）其他奉交辦事項。