第三局分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科
（一）關於總統、副總統宣誓就職典禮之辦理事項。
（二）關於國賓訪華、總統與外國元首簽署聯合公報及大使呈遞國書典禮之辦理事項。
（三）關於新任政務官宣誓典禮之辦理事項。
（四）關於贈、授勳章、贈匾等典禮之辦理事項。
（五）關於國定紀念日典禮及總統府月會之辦理事項。
（六）其他奉交辦事項。
二、第二科
（一）關於請見總統、副總統文稿簽辦及賓客聯繫接待事項。
（二）關於總統、副總統等長官禮品之致贈事項。
（三）關於總統、副總統等長官宴、茶會之安排及接待事項。
（四）關於長官為婚、喪、喜、慶贈禮之辦理事項。
（五）其他奉交辦事項。
三、第三科
（一）關於總統、副總統車隊之車輛安全檢查事項。
（二）關於車輛汰舊換新與各項監理及保險等辦理事項。
（三）關於車輛調度、養護、油料及停車管理等辦理事項。
（四）關於駕駛、修車技工之人事管理事項。
（五）其他奉交辦事項。
四、第四科
（一）關於本府員工薪餉發放、薪資所得稅扣繳申報及員工各項獎金、補助費等發放事項。
（二）關於本府應支付款項支票之簽發、提領、零用金管理及經費結存報告表編製事項。
（三）關於職員退撫儲金及聘僱人員離職儲金扣繳事項。
（四）其他奉交辦事項。
五、第五科
（一）關於技工、工友之人事管理事項及勞工保險、全民健康保險事項。
（二）關於公務財產、物品之管理事項。
（三）關於本府環境維護、消防安全管理、天然災害防制、水、電、通信等管理事項。
（四）關於慶典集會、宴、茶會等各項場地佈置事項。
（五）關於員工住宅輔建及購屋貸款事項。
（六）關於總統、副總統收受禮品之管理事項。
（七）關於本府開放民眾參觀事項。
（八）其他奉交辦事項。
六、第六科
（一）關於本府營繕工程之採購及辦理事項。
（二）關於本府各項財物之採購及維修事項。
（三）關於本府各項勞務之採購事項。
（四）關於本府統籌事務費之結報事項。
（五）其他奉交辦事項。

本府醫務所由侍衛室軍職醫護人員組設之，其業務由第三局會同督導管理。