侍衛室分設四組及醫務所，各組、所掌理事項如下：
一、警情組
（一）關於安全情資蒐集及運用事項。
（二）關於警衛計畫之策訂與警衛整備及督導事項。
（三）關於訓練計畫之策訂及督導事項。
（四）關於全般通信業務整備事項。
（五）其他奉交辦事項。
二、侍從組
（一）關於隨侍之警衛安全維護及執行事項。
（二）關於臨時機動勤務事項。
（三）其他奉交辦事項。
三、內衛組：
（一）關於寓所之警衛安全維護及執行事項。
（二）關於臨時機動勤務事項。
（三）其他奉交辦事項。
四、行政組
（一）關於人事管理、人事勤務等辦理事項。
（二）關於庶務、福利等事項。
（三）關於後勤、財產管理等事項。
（四）其他奉交辦事項。
五、醫務所
（一）關於總統緊急醫療作業相關之醫藥整備與救護訓練等事項。
（二）關於辦理本府門、急診醫療業務及各項中樞慶典等醫護事項。
（三）關於預防保健及急救訓練等事項。
（四）其他奉交辦事項。

前項第五款醫務所之業務，由第三局會同督導管理。

侍衛室掌理有關總統之侍衛、警衛事項，並協調國家安全局辦理有關副總統之侍衛、警衛事項。

有關本府及總統寓所周邊都市計畫變更、都市設計審議之警衛安全維護事項，由侍衛室配合國家安全權責單位，會同本府相關單位，協助都市計畫主管機關辦理之。