採購申訴審議委員會（以下簡稱申訴會）分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）中央各機關採購履約爭議調解事件之處理。
（二）中央各機關採購申訴事件之處理。
（三）民間參與公共建設申訴事件之處理。
（四）採購調解及異議、申訴法令之訂定、修正及解釋。
（五）第二目及第三目申訴事件行政訴訟之答辯。
（六）申訴會調解及申訴案例之彙編。
二、第二科：
（一）地方各機關採購履約爭議調解事件之處理。
（二）地方各機關採購申訴事件之處理。
（三）申訴會組織法規之研定、修正及解釋。
（四）申訴會委員會會議之議事、相關資料整理及記錄。
（五）第二目採購申訴事件行政訴訟之答辯。