工程管理處分設五科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）行政院列管交通運輸類公共工程計畫年度作業計畫之審核。
（二）行政院列管交通運輸類公共工程計畫調整、撤銷之審查。
（三）行政院列管交通運輸類公共工程計畫執行之督導及考核。
（四）交通運輸類公共工程重要案件之追蹤、協調及配合。
（五）天然災害公共設施復建之經費審核。
（六）公共建設督導會報會議作業及其決議事項之追蹤管制。
二、第二科：
（一）行政院列管水利防洪、治山防災、能源開發、環境保護及工業等公共工程計畫年度作業計畫之審核。
（二）由行政院列管水利防洪、治山防災、能源開發、環境保護及工業等公共工程計畫調整、撤銷之審查。
（三）行政院列管水利防洪、治山防災、能源開發、環境保護及工業等公共工程計畫執行之督導及考核。
（四）水利防洪、治山防災、能源開發、環境保護及工業等公共工程重要案件之追蹤、協調及配合。
（五）天然災害公共設施復建經費之審核。
三、第三科：
（一）行政院列管公有建築、新市鎮開發及國家公園等公共工程計畫年度作業計畫之審核。
（二）行政院列管公有建築、新市鎮開發及國家公園等公共工程計畫調整、撤銷之審查。
（三）行政院列管公有建築、新市鎮開發及國家公園等公共工程計畫執行之督導及考核。
（四）公有建築、新市鎮開發及國家公園等公共工程重要案件之追蹤、協調及配合。
（五）天然災害公共設施復建經費之審核。
四、第四科：
（一）工程採購品質管理、環境保護、施工安全衛生政策與制度之研訂及相關政令之宣導。
（二）綜理工程採購品質評鑑、抽查之執行計畫及輔導考核。
（三）工程採購品質管理、環境保護及施工安全衛生業務與人員之教育訓練、推廣及考核。
五、第五科：
（一）行政院列管計畫管考資料之彙整及分析。
（二）公共工程統計資料相關之工程計畫管理、督導與管制考核及追蹤。
（三）公共工程計畫管理之電腦程式開發及資訊作業支援。
（四）公共工程資訊體系之建立、管理、教育訓練及推廣。
（五）公共工程計畫管理制度之研議。
（六）公共工程計畫管理綜合業務之辦理。