秘書處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）委員會議、擴大業務會報各項議事與相關資料整備、簽報及記錄。
（二）本會年度施政方針、施政計畫之彙辦、編擬及管制考核。
（三）本會業務追蹤、管制及年終考成作業。
（四）本會施政報告及紀要之撰擬。
（五）本處業務之綜合規劃及協調。
（六）不屬於其他各處、室之事項。
二、第二科：
（一）國會聯繫。
（二）新聞聯繫及發布。
（三）新聞資料之蒐集、整理及簽報。
（四）重要來賓參觀、訪問、拜會之接待。
（五）正副首長辦公事務、交辦案件及機要業務之處理及追蹤。
（六）對外公共關係事項。
（七）本會文宣品之籌製及宣導。
三、第三科：
（一）本會內部之採購。
（二）財產、物品之管理。
（三）辦公廳舍之維護、修繕。
（四）文件資料之印製。
（五）公務車輛維修、調派及管理。
（六）工友之管理及考核。
（七）票據管理、經費出納之辦理。
（八）集會之事務管理。
（九）專案活動之配合執行。
四、第四科：
（一）公文之收發、登記及統計。
（二）公文之稽催及時效管制。
（三）公文及資料之繕校及印製。
（四）印信之典守。
（五）檔案之管理典藏。
（六）檔案之登錄、銷燬及調還。
（七）圖書資料之購置、整理、保管、陳列及借用。