海空港之自由港區管理機關受理設置自由貿易港區申請之審查程序如下：
一、於受理申請書件證明齊備之次日起三十日內，舉行公聽會並完成初步審核。
二、經初步審核同意者，應報請主管機關審查；其有不合於申請劃設之資格、條件或確有管理上之困難者，應不予同意。

本條例第七條第三項所定確有管理上之困難，指有下列情形之一者：
一、依該航空站或港口之運輸作業能量已呈飽和而無擴充之計畫。
二、無法提出適當之管理機關組織因應計畫。
三、管理機關執行本條例第九條第一項所定職掌事項有窒礙難行之因素。