密碼作業督導機關計分四大體系，其權責分工如下：
一、行政院外交國防法務處：督導行政院及所屬機關與受委託行使公權力之個人、法人或團體之密碼作業。但屬國防部及外交部者，不在此限。
二、外交部資訊及電務處：督導外交部及駐外館處與受委託行使公權力之個人、法人或團體之密碼作業。
三、國防部參謀本部通信電子資訊參謀次長室：督導國防部及所屬軍事機關、部隊、學校與受委託行使公權力之個人、法人或團體之密碼作業。但國家情報工作法第三條第一項第一款情報機關，不在此限。
四、主管機關密碼業務單位：督導前三款以外政府機關及第三款但書所列機關之密碼作業。

前項機關之權責如下：
一、依公務機密資訊維護需求，提出保密裝備運用規劃。
二、辦理密碼作業人員管制與教育訓練。
三、辦理密碼作業督考及獎懲。
四、辦理保密裝備申製、配發、補保與管制等事項。
五、輔導建立密碼作業安全防護。
六、其他密碼作業有關業務。