密碼保密督導機關計分四大體系，其權責分工如下：
一、法務部廉政署：督導中央機關、直轄市及縣市政府之政風機構，推動密碼保密業務。
二、外交部政風處：督導外交部及駐外館處之密碼保密業務。
三、國防部政治作戰局：督導國防部及所屬軍事機關、部隊、學校之密碼保密業務。
四、主管機關政風處：督導前三款以外政府機關之密碼保密業務。

前項機關之權責如下：
一、配合辦理密碼保密督考、獎懲及教育訓練。
二、配合宣導密碼保密法令及作法。
三、處理密碼保密有關洩密、違規業務。
四、稽核政府機關運用保密裝備維護公務機密資訊之執行情形。
五、有關密碼保密其他事項。