本辦法第四條第一項第三款至第五款所列人員，其安全查核判斷基準除適用第七條至第十二條外，若有下列情事者，應為不通過查核之判定：
一、有本辦法第七條至第十二條所列兩種以上之安全顧慮。
二、有涉及國家安全或重大利益公務人員特殊查核辦法第三條第一項第四款至第八款所列情事者。
三、對本人、配偶或一親等血親在大陸地區之所得來源交代不清或隱瞞者。
四、對於在大陸地區期間之交友、求學、就業、財務或居住等歷程之交代不清或隱瞞者。
五、本人擁有、曾經擁有或現正申請大陸地區戶籍、護照或等同護照之其他證件者。

前項所列受查核人員曾赴大陸或港、澳地區停留長達三個月以上者，查核機關應要求受查核人就停留目的、活動範圍及接觸人員等事項，以書面詳實報告，並得要求受查核人提出相關佐證文書或查證路線，受查核人無正當理由而拒絕者，得逕判該次查核不通過。