依第十三條所辦理之查核，其結果及效力如下：
一、認有第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核不通過，受查核人為本機關人員者，自接獲通知之日起不得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密；非本機關人員者，不予分配訓練、任用或使其接觸國家機密、軍事機密及國防秘密，已在訓練中者，不予及格。
二、無第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核通過，受查核人為本機關人員者，自核定之日起，得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密，效期依甲、乙、丙三種查核，各為一年、三年、五年。

依第十六條所辦理之查核，其結果及效力如下：
一、認有第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核不通過，前所通過之查核結果予以註銷，受查核人自核定通知之日起，不得接觸國家機密、軍事機密及國防秘密。
二、無第七條至第十二條所列之安全顧慮者，應判定該次查核通過，前所通過之查核結果及所生之接觸國家機密、軍事機密及國防秘密權限及效期，均予維持。

拒絕配合填具查核作業所需之申請表格，且經約訪無法提出拒絕填表之正當理由或拒絕約訪，該次查核得逕判予不通過。

依第十五條第一項第四款之科學儀器檢測或心理測驗施測結果，認受查核人有判斷基準所列之安全顧慮或施測結果無法判定時，得由機關首長佐以受查核人其他查核資料，判定是否通過查核。

受查核人拒絕查核機關依第十五條第一項第四款而施作之科學儀器檢測或心理測驗者，得逕判該次查核不通過。

受查核人涉有施用毒品、濫用管制藥品或酒精等嫌疑者，查核機關得要求受查核人開具同意書，配合提出公立醫院體檢報告，受查核人不願意配合者，得逕判該次查核不通過。