國家安全作業中心掌理下列事項：
一、綜理國家安全情報指導小組會議有關事項。
二、協調整合各情報機關及政府相關部會重大緊急突發事件情資通報、查證、分享及協力應處有關事項。
三、協調整合導入各情報機關及政府相關部會影像及通資訊系統建置有關事項。
四、協調整合規劃與國家生存發展相關議題之衛照、數據等資料庫建置事項。
五、協調整合、部署執行對境外敵對勢力爭議訊息應處有關事項。
六、其他有關國家安全作業機制規劃及運作事項。