國土安全辦公室掌理下列事項之政策研議、法案審查、計畫核議、業務推動、督導及管考：
一、反恐基本方針、政策、業務計畫及工作計畫。
二、反恐相關法規。
三、本院與所屬機關（構）反恐演習及訓練。
四、反恐資訊之蒐整研析及相關預防整備。
五、各部會反恐預警、通報機制及應變計畫之執行。
六、反恐應變機制之啟動及相關應變機制之協調聯繫。
七、反恐國際交流及合作。
八、國土安全政策會報決議、配合國家安全系統職掌之反恐及關鍵基礎設施防護。
九、關鍵基礎設施安全防護基本方針、工作計畫、演習訓練、安全監控、通報應變機制。
十、其他有關反恐、關鍵基礎設施安全防護業務事項。