本院為應業務需要得設下列常設性任務編組，其內部組設及主管權責，另以設置要點定之：
一、食品安全辦公室：統籌規劃食品安全政策，統合中央及地方權責機關應變處理重大食品安全事件，推動重大計畫與資訊系統及辦理相關會議，置主任一人、副主任一人或二人，由適當人員擔任。
二、中部、南部、東部、雲嘉南區聯合服務中心：整合本院所屬機關（構）當地現有資源，以單一窗口提供各該地區民眾便捷服務，分置主任一人、執行長一人、副執行長一人至三人，由適當人員擔任。