國土區域離島發展處掌理事項如下：
一、智慧國土發展策略之規劃、協調推動及國際合作。
二、公共建設投資方案與國家建設專案之規劃及協調推動。
三、政府公共建設計畫、政策及年度預算先期作業之審議及協調推動。
四、城鄉及產業用地發展計畫與地方創生政策之研擬、審議及協調推動。
五、氣候變遷調適及環境資源永續發展政策之研擬、審議、協調推動及國際合作。
六、花東及離島發展建設與政策之審議及協調推動。
七、其他有關國土區域離島發展事項。