本會設下列處、室：
一、綜合規劃處，分六科辦事。
二、經濟發展處，分六科辦事。
三、社會發展處，分六科辦事。
四、產業發展處，分六科辦事。
五、人力發展處，分六科辦事。
六、國土區域離島發展處，分六科辦事。
七、管制考核處，分六科辦事。
八、法制協調處，分四科辦事。
九、秘書室，分五科辦事。
十、人事室，分二科辦事。
十一、政風室。
十二、主計室，分二科辦事。
十三、資訊室，分二科辦事。