行政院依第五條第三款對主管機關所報初核結果，採書面審核方式進行複核，必要時得辦理重點實地查證，其作業流程如下：
一、由國發會邀集行政院相關業務處、主計總處及人事行政總處，組成複核小組，依第三條第二項所定國營事業年度工作考成作業要點辦理複核。
二、複核結果，由國發會洽商行政院相關業務處、主計總處、人事行政總處及主管機關等意見後，陳報院長核定。