慰助金之申請程序及核定權責如下：
一、因執行特種勤務致受傷者，應檢具因執行特種勤務致受傷慰助金申請表一式二份，詳述事件發生經過，並檢附中央衛生主管機關評鑑合格醫院出具之診斷證明書（含住院或接受治療原因），向其隸屬機關提出申請，層轉主管機關審查發給因執行特種勤務致受傷證明書後，由其隸屬機關核定發給慰助金。
二、因執行特種勤務致失能者，應檢具因執行特種勤務致失能慰助金申請表一式二份，詳述事件發生經過，並檢附由中央衛生主管機關評鑑合格醫院出具之失能等級證明書（含造成失能原因），向其隸屬機關提出申請，層轉主管機關審查發給因執行特種勤務致失能證明書後，由其隸屬機關核定發給慰助金。
三、因執行特種勤務致死亡者，應由其遺族檢具因執行特種勤務致死亡慰助金申請表一式二份，詳述事件發生經過，並檢附死亡證明文件，向其隸屬機關提出申請，層轉主管機關審查發給因執行特種勤務致死亡證明書後，由其隸屬機關核定發給慰助金。
四、受傷住院或未住院而於治療七次以後，因傷勢加重，轉為失能或死亡，或因失能致程度加重或死亡，按失能等級或死亡申請補足慰助金者，應依前二目規定辦理。
五、第二條第一項所定人員因執行特種勤務致受傷、失能、死亡時，其隸屬機關之業管單位應主動協助所屬人員或遺族，填具申請表，儘速完成申請慰助金。

請領慰助金之請求權時效，依行政程序法第一百三十一條第一項規定辦理。