本條例主管機關為促進轉型正義委員會（以下簡稱促轉會），不受中央行政機關組織基準法第五條第三項、第三十二條、第三十六條及行政院組織法第九條規定之限制。

促轉會隸屬於行政院，為二級獨立機關，除政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例另有規定外，依第四條至第七條規定，規劃、推動下列事項：
一、開放政治檔案。
二、清除威權象徵、保存不義遺址。
三、平復司法不法及行政不法、還原歷史真相，並促進社會和解。
四、不當黨產之處理及運用。
五、其他轉型正義事項。