前三條之調查結束後，應基於所徵集之檔案資料及當事人之陳述等調查結果，撰寫包括歷史事實之原因分析、經過、影響與加害者及參與者責任等內容之調查報告初稿。

本會應就前項調查報告初稿聽取利害關係人、民間團體及專家學者之意見，並作成紀錄，詳實記載反對意見及相關建議；其不予採納者，應於調查報告敘明不予採納之理由。

調查報告經本會依本條例第十三條第一項規定作成公開之決議，除含有政府資訊公開法第十八條第一項各款限制公開之事項者外，應以公告或網際網路等適當方式公開之。