本署掌理下列事項：
一、入出國、移民及人口販運防制政策、法規之擬（訂）定、協調及執行。
二、大陸地區人民、香港或澳門居民及臺灣地區無戶籍國民入國（境）之審理。
三、入出國（境）證照查驗、鑑識、許可及調查之處理。
四、停留、居留及定居之審理、許可。
五、違反入出國及移民相關規定之查察、收容、強制出國（境）及驅逐出國（境）。
六、促進與各國入出國及移民業務之合作聯繫。
七、移民輔導之協調、執行及移民人權之保障。
八、外籍及大陸配偶家庭服務之規劃、協調及督導。
九、難民之認定、庇護及安置管理。
十、入出國（境）安全與移民資料之蒐集及事證之調查。
十一、入出國（境）及移民業務資訊之整合規劃、管理。
十二、其他有關入出國（境）及移民事項。

前項第十款規定事項涉及國家安全情報事項者，應受國家安全局之指導、協調及支援。