本署之次級機關及其業務如下：
一、刑事警察局：執行犯罪偵防事項。
二、航空警察局：執行機場治安及安全維護事項。
三、國道公路警察局：執行國道與經指定之快速公路治安及安全維護事項。
四、鐵路警察局：執行鐵路治安及安全維護事項。
五、各保安警察總隊：執行保安、警備、警戒、警衛、治安及安全維護事項。
六、各港務警察總隊：執行港區治安及安全維護事項。

刑事警察局、國道公路警察局得置副首長三人，其他次級機關（構）得置副首長一人或二人。

本署次級機關（構）為應勤務需要，得設勤務單位。