本署之次級機關及其業務如下：
一、城鄉發展分署：執行國土及城鄉之規劃、發展事項。
二、各區都市基礎工程分署：執行有關都市基礎工程事項。
三、下水道工程分署：執行有關下水道建設及管理事項。