替代役訓練及管理中心掌理事項如下：
一、替代役基金設置管理之規劃及督導。
二、替代役之申請、甄選及分發。
三、替代役管理與需用機關用人績效考核之規劃、督導及執行。
四、替代役薪給與主副食費之發放及服裝之製發。
五、替代役基礎訓練與專業訓練課程之規劃、督導及執行。
六、替代役與其他學員伙食、醫療、生活管理之規劃及執行。
七、替代役備役召集之實施、編管規劃與督導及後備軍人管理之行政監督。
八、替代役人力資源整編、管理與訓練之規劃及執行事項。
九、替代役訓練場所設施與訓練器材設備之規劃、管理及維護。
十、其他有關替代役訓練及管理事項。