本部設下列司、處、中心：
一、綜合規劃司，分七科辦事。
二、民政司，分六科辦事。
三、戶政司，分五科辦事。
四、地政司，分十科辦事。
五、宗教及禮制司，分五科辦事。
六、合作及人民團體司，分五科辦事。
七、役政司，分六科辦事。
八、資訊服務司，分七科辦事。
九、秘書處，分六科辦事。
十、人事處，分四科辦事。
十一、政風處，分三科辦事。
十二、會計處，分六科辦事。
十三、統計處，分三科辦事。
十四、法制處，分五科辦事。
十五、替代役訓練及管理中心，分十科辦事。