第一大隊及第二大隊掌理事項如下：
一、承總隊之命，執行本總隊掌理事項。
二、負責貨櫃安檢查緝走私與其他不法工作。
三、執行貨櫃落地檢查、聯合查贓、舊機動車輛及引擎輸出查證作業防制贓車出口。
四、配合財政部查緝私劣菸酒等查緝貨櫃安檢工作。
五、執行反恐、保安、警備、警戒、警衛、秩序維護、刑事。
六、保安警力派遣、勤務規劃、訓練、督導。
七、其他有關大隊事項。