保防科掌理事項如下：
一、保防工作之策劃、督導、執行及處理。
二、保防教育之規劃、執行及督考。
三、機關安全防護之規劃、執行及督考。
四、公務機密維護之規劃、執行及督考。
五、員警（工）忠誠查核工作。
六、新進人員、警察役役男安全查核事項之執行與資料管理及運用。
七、諮詢工作之規劃、布置及資料處理。
八、治安情報資料蒐集之策劃、督導及考核。
九、行動蒐證之訓練、勤務派遣及處理。
十、其他有關保防事項。