兩岸科掌理事項如下：
一、兩岸警務工作之聯繫、協調及處理。
二、兩岸共同打擊犯罪工作之規劃、執行、聯繫及協調。
三、兩岸司法互助之協處。
四、兩岸犯罪情資交換、合作協查偵辦之聯繫、協調及處理。
五、兩岸刑事犯、刑事嫌疑犯遣返之聯繫、協調及處理。
六、兩岸警務合作、實務交流參訪之聯繫、協調及處理。
七、香港、澳門共同打擊犯罪及司法互助之協處。
八、大陸地區及香港、澳門聯絡辦事之規劃、執行及督導。
九、其他有關兩岸及香港、澳門警務事項。