毒品查緝中心掌理事項如下：
一、毒品防制措施之策劃及執行。
二、毒品情資之蒐集、綜合研整及協調運用。
三、毒品及其他抵癮物品查禁之規劃。
四、其他有關檢肅毒品事項。

偵查第三大隊、偵查第六大隊及偵查第八大隊所屬毒品查緝專責偵查隊人員兼受毒品查緝中心主任之指揮監督。