科技犯罪防制中心掌理事項如下：
一、科技犯罪防制措施之規劃、執行、督導及考核。
二、科技偵查人員教育訓練之規劃、執行、督導及考核。
三、科技犯罪情資之蒐集、綜合研整及協調運用。
四、重大、特殊新興科技犯罪案件與資（通）訊安全案件之統合、支援及偵查。
五、其他有關科技犯罪防制事項。

科技研發科、刑事資訊科、通訊監察科、偵查第九大隊與電信偵查大隊人員執行科技犯罪防制相關勤務及業務，兼受科技犯罪防制中心主任之指揮監督。