環境維護科掌理事項如下：
一、本區域內各項工程設施之規劃、設計、發包、施工、監督、驗收及其預算執行。
二、本區域內古物與古蹟之維護及修繕。
三、本區域內各項工程設施勘查、測量及調查研究。
四、本區域內公私建築物、道路與橋樑之建設及拆除案件之許可。
五、本區域內水土保持案件之會審。
六、本區域內復舊造林及景觀維護。
七、本區域內環境之管理。
八、本區域內建築之管理。
九、未來海洋型國家公園籌設之環境維護業務規劃。
十、其他有關環境維護事項。