保育研究科掌理事項如下：
一、本區域內自然生態之保育、研究、經營、執行及監督。
二、本區域內自然資源、人文史蹟資料之蒐集、研究及管理。
三、本區域內各種標本之採集、製作、研究及保管。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本區域內保育研究成果之應用及推廣。
六、本區域內危害自然及人文資源案件之認定及處理。
七、本區域內環境監測與公共衛生之管理及生態評估之審議。
八、本區域內進入生態保護區之許可及保育巡查。
九、未來海洋型國家公園籌設之保育研究業務規劃。
十、其他有關保育研究事項。