保育研究科掌理事項如下：
一、本區域內自然生態之保育研究及調查監測計畫之執行。
二、本區域內自然資源、地形、地質、人文史蹟之調查、登錄、研究及管理。
三、本區域內瀕臨滅絕、稀有之野生動物及植物復育計畫執行。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本處圖書期刊資料之建立管理。
六、本區域內保育觀測研究站之管理。
七、進入生態保護區入園許可之執行。
八、本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源與人文資源行為之處理復舊及監督。
九、其他有關保育研究事項。