安全檢查大隊掌理事項如下：
一、空運旅客、航員及行李之安全檢查。
二、空運貨物之安全檢查。
三、航空器之清艙安全檢查。
四、空運郵件總包之安全檢查。
五、空運管制物與違禁物之核驗及查處。
六、爆裂物品之處理。
七、航空餐飲供應之安全檢查。
八、國境安檢資訊之蒐報反映。
九、其他有關安全檢查勤務及協辦。