本局設下列科、中心、室、分局、大隊：
一、行政科。
二、航空保安科，分二股辦事。
三、後勤科，分二股辦事。
四、保防科，分二股辦事。
五、國際科。
六、督訓科，分二股辦事。
七、勤務指揮中心。
八、人事室。
九、主計室。
十、臺北分局、高雄分局，分八股、二中心、六隊、十四分駐、派出所辦事。
十一、保安警察大隊，分二股、三隊辦事。
十二、安全檢查大隊，分二股、六隊辦事。
十三、刑事警察大隊，分二股、三隊辦事。