甄選組掌理事項如下：
一、替代役相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
二、替代役申請、徵集、甄選與分發之規劃、督導及提前退役業務之處理。
三、役政人員與研發替代役訓練計畫之規劃、督導及處理。
四、替代役審議委員會會務之辦理。
五、各需用機關替代役需求之調查、評估。
六、研發替代役用人單位申請之審查、員額核配、管考及督導。
七、研發替代役役男之甄選、服勤管理、轉調及管考。
八、研發替代役基金預算之編列、管控。
九、替代役役男及常備兵因病停役之回役處理。
十、其他有關甄選事項。