第二大隊掌理事項如下：
一、濫墾、濫伐、濫建、污染水源、盜採砂石等違反水資源保護案件之協助稽查及取締。
二、機動支援駐在單位稽查、取締之協助。
三、駐在單位廳舍、重要設施及人員之安全維護。
四、其他有關警察勤（業）務執行事項。