第三大隊掌理事項如下：
一、違法設置廢棄物處理場（廠）之協助稽查及取締。
二、違法清除、處理有害事業廢棄物之協助稽查及取締。
三、違法運作毒性化學物質及重大污染案件之協助稽查及取締。
四、環境影響評估開發違法行為之協助稽查、監督及取締。
五、協調聯繫、預防及處理環境保護工程或業者遭不法分子介入操縱等不法行為。
六、環境破壞排除之協助。
七、協助中央衛生主管機關執行食品、藥物之稽查、取締或危害排除等職務。
八、其他有關警察勤（業）務執行事項。