本總隊設下列科、中心、室及警察隊：
一、行政科。
二、國際科。
三、後勤科。
四、保防科。
五、督訓科。
六、勤務指揮中心。
七、秘書室。
八、人事室。
九、主計室。
十、刑事警察隊。
十一、保安警察隊。
十二、麥寮工業專用港警察隊。

本總隊得設七中隊辦事。