保防科掌理事項如下：
一、機關保防工作之規劃、督導及執行。
二、社會保防工作之規劃、督導及執行。
三、國家安全偵防工作之規劃、督導及執行。
四、社會治安調查（含走私、偷渡）工作之規劃、督導、蒐集及處理。
五、社會治安與特種勤務情報諮詢布置工作之規劃、督導及執行。
六、特種勤務危安目標情報作業之規劃、督導及執行。
七、港口遭受劫持或破壞初期應變及演習之規劃、督導。
八、港區治安維護及檢管之規劃、督導。
九、其他有關保防安全工作事項。