綜合規劃處掌理事項如下：
一、原住民族政策、制度、法規之綜合研究、規劃、協調及研議。
二、原住民族自治之規劃、推動、自治行政之輔導、協調、監督及人員之訓練、考核、獎懲。
三、原住民身分及原住民族認定之規劃、推動及審議。
四、原住民族部落之核定、規劃、輔導、協調及審議。
五、原住民族傳統習慣規範與制度之研究、保存及發展。
六、本會研考業務之規劃及推動。
七、國際與兩岸原住民族交流之規劃、協調及審議。
八、本會資訊應用服務策略規劃及管理。
九、其他有關原住民族綜合規劃事項。