企劃經理科掌理事項如下：
一、國家自然公園計畫之籌設、擬訂、規劃、檢討及變更。
二、國家自然公園區內（以下簡稱區內）之經營管理；國家自然公園事業與重大建設之規劃及研擬。
三、區內土地使用申請案件之審核及用地之取得。
四、區內建築線之指定與違章建築之查報及認定。
五、區內公眾參與與住民（原住民）夥伴關係建立之推動及執行。
六、區內法令之擬訂與資料之蒐集及研究。
七、區內違反國家公園法事項之處理。
八、其他有關企劃經理事項。