本大隊設下列科、中心、室、隊：
一、預防調查科。
二、搶救訓練科。
三、救災救護指揮中心。
四、人事室。
五、政風室。
六、主計室。
七、基隆港隊。
八、臺中港隊。
九、高雄港隊。
十、花蓮港隊。