營運管理科掌理事項如下：
一、再生水、下水能（資）源再利用與下水道永續營運管理相關計畫之協調及執行。
二、直轄市、縣（市）再生水、下水能（資）源再利用及下水道永續營運管理相關計畫之擬訂。
三、直轄市、縣（市）再生水、下水能（資）源再利用、下水道永續營運管理相關委託技術服務案之採購與規劃設計及專案管理成果之審核。
四、直轄市、縣（市）再生水、下水能（資）源再利用及下水道永續營運管理相關工程之業務督導。
五、其他有關再生水、下水再利用及下水道營運管理事項。