保育研究科掌理事項如下：
一、本區域內自然生態之保育研究及調查監測計畫之執行。
二、本區域內自然資源、地形、地質、文化資產或其他人文史蹟之調查、研究及管理。
三、本區域內瀕臨滅絕、稀有野生物種棲地保育或復育計畫之執行。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本處保育研究圖書期刊資料之建立管理。
六、本區域內保育觀測研究站之管理、科研基地之建置及研究資料之科普化推廣。
七、研究採集計畫人員進入生態保護區申請之許可及執行。
八、本區域內生物性災害或違法盜採、盜獵、盜伐毀損自然資源與人文資源行為之處理復舊及監督。
九、參與國際保育組織與相關交流活動之規劃及推動。
十、其他有關保育研究事項。