直轄市或縣（市）主管機關應依中央政府各機關專戶管理辦法規定，經財政部同意，向保管處所分別開立保管款專戶（以下簡稱專戶）及保管款利息專戶存管保管款及保管款所生利息；其收支存管作業準用國庫相關規定辦理。

直轄市或縣（市）主管機關於保管處所開戶時，其開戶申請書與印鑑卡留存之印鑑應為機關首長、主辦主（會）計及主辦出納人員等三人。